La compensazione viene applicata dal GSE per recuperare un saldo negativo che si è generato a causa di:

-storni su importi ricevuti. Ad es. in caso di un conguaglio di importo inferiore rispetto ad acconti già erogati.

-costi amministrativi per la gestione dei contratti, che non vengono compensati dal primo pagamento utile dell'anno in corso.

-corrispettivi di sbilanciamento (ad esempio quelli definiti per il regime di Ritiro Dedicato)